En realidad la 5.7 no tiene este problema y tampoco la 6.0, por ejemplo:
- tienes la carpeta de GemixStudio en path\GemixStudioBeta6.0
- tu juegos en path\MyGames\Nombre_juego
Es suficiente que darle al GMXEdit el path de la carpeta de la beta (donde hay el compilador y todo) y dal editor abrir tu PRG que esta en su normal carpeta, al compilar, se creara la carpeta de los modulos y las otras librerias necesarias en la carpeta de tu juego, asi solo te quedara empaquetar dicha carpeta o los ficheros de esa misma con algun empaquetador.