Otra opción es usar algun tipo de antialias y despues exportar con el canal alpha y entonces te salen unos contornos con transparencia pero suavizados. El problema es que eso es mejor hacerlo con un programa especial para animar sprites, claro. Yo como todo lo que hago es 3d, pues ya me exporta con AA+alpha (png RGBA) y te digo que el antialias para 2d no siempre queda tan bien como parece.
Con la herramienta de seleccion de cualquier programa de retoque 2d, puedes hacer algo similar aunque con muchas animaciones debe ser morirse. Quizas podrias probar pegando sprites a pelo en fondo transparente y ya a partir de ahi, o dibujarlos directamente en el graphics gale que está preparado para eso.