Creo que lo buscas es imposible, y si algún programador lo hace, entonces va a desbancar al graphics gale Creo que por ahora tendrás que corregir a mano las imperfecciones y los pixeles gordos. Corríjanme si me equivoco
Esto que dijiste de hacer las lineas con 1 pixel de grosor es una de las características que tiene Aseprite, fíjate, métete en la web http://www.aseprite.org/ y observa la caracteristica "Pixel Perfect Stroke", he bajado la demo y lo he probado, esta muy bien para mi gusto el programa.